Der Forschungsbereich Mikrobiologie der LMU gliedert sich in mehrere Arbeitsgruppen, in denen zu unterschiedlichen Subdisziplinen der Mikrobiologie geforscht wird. Diese umfassen Themen aus der Molekularen Mikrobiologie, Bakteriellen Signaltransduktion, Membranbiochemie, Mikrobiellen Zellbiologie und Synthetischen Biologie.